Междисциплинарный проект в МУР занимает значительную часть учебного процесса и является одним из способов подчеркнуть принцип целостности образования и взаимозависимости предметов, изучаемых в школе.

Междисциплинарный проект помогает студенту понять, что многие проблемы можно решить, если рассматривать их с точки зрения разных дисциплин, а также осознать, что знания и навыки, приобретённые и сформированные при изучении одной дисциплины, могут облегчить изучение другой. Кроме того, работая над междисциплинарным проектом, студент приходит к более глубокому пониманию проблемы, а иногда даже конструирует новое понимание, к которому невозможно было бы придти без участия нескольких предметов.

Такой проект объединяет учителей разных предметов в работе над общей проблемой и требует совместного планирования и размышления.

Обычно за основу междисциплинарного проекта берётся тема или проблема, которая рассматривается через несколько дисциплин, взаимодействие которых приведёт к наиболее глубокому и полному её пониманию. Например, работая над проектом «Огород на окне» (7 класс), в котором участвовали биология, химия, физика и технология, студенты пришли к пониманию роли каждой из дисциплин в процессе и результате работы. Более того, вопрос «Какое влияние окажет проект на моё сообщество?» (Область Взаимодействия «Сообщество и служение») придал работе студентов особое значение и осознание важности их деятельности.